NGS實驗室裝修、設(shè)計建設(shè)
NGS實驗室又叫高通量測序檢測實驗室。NGS是下一代測序技術(shù)( Next Generation Sequencing)即高通量測序技術(shù)的簡稱。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)Sanger測序(稱為一代測序技術(shù))革命性的改變, 可同時對幾十萬到幾百萬條核酸分子進(jìn)行序列測定,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能,也稱為深度測序(Deep sequencing)。
一、實驗室空間設(shè)計
NGS實驗室需要設(shè)有準(zhǔn)備樣本、提取DNA/RNA、建庫、測序等多個區(qū)域,這些區(qū)域需要根據(jù)工作流程合理布局,確保不同步驟之間不會相互干擾。另外,實驗室應(yīng)根據(jù)實驗人員數(shù)量和設(shè)備配置合理設(shè)計大小,確保實驗室的通風(fēng)和安全性。
1、試劑準(zhǔn)備室主要功能:在NGS過程中使用到的試劑的配制、分裝和保存。
2、標(biāo)本與文庫制備區(qū)主要功能:血液處理、血漿制備、DNA提取、DNA片段化、DNA樣品的純化、DNA濃度檢測、末端修復(fù)、接頭連接、構(gòu)建樣本的測序文庫。
3、文庫擴增與檢測區(qū)主要功能:文庫構(gòu)建后的PCR擴增與純化、文庫濃度檢測、文庫的混合及混合后的質(zhì)檢分析。
4、測序區(qū)主要功能:測序模板制備(乳液PCR與磁珠富集回收)、上機測序、數(shù)據(jù)分析、報告審核及發(fā)放。
二、設(shè)備配置和使用
NGS實驗室需要配備測序儀器、建庫儀器、PCR儀器、冷凍保存設(shè)備等多種設(shè)備,這些設(shè)備應(yīng)該根據(jù)實驗工作流程的需要合理配置,并且設(shè)備之間應(yīng)該有足夠的間距以便于維護(hù)和操作。
1、試劑準(zhǔn)備室
主要儀器設(shè)備:加樣器、冰箱、分析天平、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈和超凈工作臺等。
2、標(biāo)本與文庫制備區(qū)
主要儀器設(shè)備:冷凍離心機、微量臺式離心機、掌上三管離心機、渦旋震蕩器、垂直混合儀、移液器、可移動紫外燈、生物安全柜、冰箱、托盤天平、Qubit 2.0核酸定量儀、電腦(可連接互聯(lián)網(wǎng))、條形碼打印機、普通打印機、掃描槍、磁力架等。
3、文庫擴增與檢測區(qū)
主要儀器設(shè)備:PCR儀、QPCR儀、Qubit2.0核酸定量儀、可移動紫外燈、超凈工作臺、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、UPS、冰箱、移液器、磁力架等。
4、測序區(qū)
主要儀器設(shè)備:高通量測序儀、PC電腦、打印機、UPS、恒溫金屬浴、純水儀、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、超凈工作臺、可移動紫外燈、磁力架、PCR儀等。
三、安全性
NGS實驗室應(yīng)該遵守生物安全法規(guī),配備相應(yīng)的生物安全柜、紫外線消毒設(shè)備、生物廢棄物收集設(shè)施等,確保實驗過程中的生物風(fēng)險得到控制。
四、通風(fēng)與空調(diào)
NGS實驗室需要考慮通風(fēng)和空調(diào)系統(tǒng)的設(shè)計,以確保實驗室內(nèi)的溫度、濕度、潔凈度等參數(shù)符合要求。同時,實驗室通風(fēng)系統(tǒng)應(yīng)該能夠控制實驗室內(nèi)的有害氣體和粉塵,避免污染實驗樣本。
分區(qū) |
壓力 |
溫度 |
相對濕度 |
照明 |
專用走廊 |
0Pa |
20-25℃ |
40%~60% |
主實驗室≥300LX,其余房間200~300LX |
緩沖區(qū) |
+5Pa |
|||
試劑準(zhǔn)備室 |
+15Pa |
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標(biāo)本與文庫制備區(qū) |
+10Pa |
|||
文庫擴增與檢測區(qū) |
-5Pa |
|||
測序區(qū) |
-10Pa |
五、廢棄物處理
NGS實驗室需要設(shè)立生物廢棄物處理區(qū),將實驗過程中產(chǎn)生的生物廢棄物進(jìn)行規(guī)范的收集、儲存和處理。
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